龟头炎的患者要尽量避免使用皮质类固醇激素药膏，以免加重龟头炎的感染。当龟头炎发作时，应尽量先行细菌培养以及药物敏感实验，以明确导致龟头炎发作的病原体的种类，从而根据不同的病原体选择不同的药物治疗。
如果龟头炎发作需要使用药膏的时候，也需针对不同病原体来选择。滴虫性的龟头炎患者，可以使用抗菌、消炎的软膏涂抹。念珠菌感染导致的龟头炎，可以使用克霉唑、咪康唑等软膏等对症治疗。
但需要注意的是龟头炎在急性发作期，不要使用皮脂类固醇激素药膏，否则可以导致感染进一步的加重。