手足口病如果治疗不及时，会出现严重后遗症，例如中枢神经系统症状脑炎、脑水肿、脑膜炎，也会导致神经系统出现异常，例如头痛、呕吐、昏迷、眼动障碍、肢体颤抖、共济失调、脑膜刺激等并发症。
如果手足口病很严重，还会导致循环系统、呼吸系统的异常，例如心肌炎、心律失常等。
由于手足口病是一种危害性比较大的传染性疾病，会出现严重的并发症。如果宝宝的症状比较轻微，可以进行抗感染、抗病毒治疗，并做好全身支持治疗法，密切观察心、脑、肾等器官功能。由于手足口病具有传染性，要做好个人卫生，防止交叉感染。