百日咳患者是百日咳的唯一传染源，百日咳患者在卡他期传染性是最强的。
百日咳的患者需要进行呼吸道隔离治疗，一般隔离的时间要到百日咳发病以后40天，或者是痉咳期出现后的30天之后，过了这个时期就不传染了。
典型的百日咳的潜伏期是6到20天，大多数是在吸入百日咳患者的飞沫以后7到10天发病。如果没有经过适当的治疗，病程可以持续3个月，甚至更长的时间。接种百日咳疫苗是预防百日咳发病的最有效的措施。