林可霉素和克林霉素的区别主要在于其不如克林霉素的口服吸收性好，而且抗菌的作用要比克林霉素相对弱一些。
克林霉素的血药浓度为林可霉素的2倍，且毒副作用相对较小。克林霉素在口服用药时一般不会受到食物的影响，这一点也是和林可霉素的区别之处。
林可霉素在临床上主要用于腹腔及妇科感染性疾病；克林霉素主要是用于链球菌、葡萄球菌感染。这两种药物都有相近、相同的抗菌范围，在目前临床上也是比较常用的两个药物。