肛瘘手术需要的时间，一般在几十分钟到数小时不等。具体的还是取决于肛瘘的复杂程度、麻醉是否顺利以及手术的过程当中是否顺利，再者还取决于手术者的经验。
肛瘘的手术是属于开放性的手术，如果是低位的、单纯性的肛瘘，一般是直接切除原发的感染内口，切除肛瘘的管道部分以及外口。如果是复杂的、高位的肛瘘，一般是需要通过挂线的方式，主要的目的就是保持手术创面引流通畅，保持肉芽组织新鲜。另外，也可以最大程度上保护肛门括约肌的功能。
如果是低位的单纯性的肛瘘，手术的时间相对会短。如果是高位的复杂性的肛瘘，相对手术的时间就要长。