脑干梗塞因为病情重，并发症多，病死率高，所以预后很差。主要是椎-基底动脉及其分支粥样硬化，或者是动脉栓塞、痉挛、炎症导致管腔狭窄、缺血而造成的循环障碍。
常见于脑动脉硬化，常常会伴随有高血压和血脂异常，其他原因包括各种动脉炎、先天性动脉狭窄、真性红细胞增多症、血高凝状态。治疗方式有一般治疗和特殊治疗。
一般治疗主要是包括维持生命体征和预防、治疗并发症，其中控制脑血管病危险因素，启动规范化二级预防措施为重要内容。特殊治疗就是溶栓治疗、血管内介入治疗以及手术治疗等。