骶管囊肿的首发症状为腰背部疼痛，疼痛可放射至臀部、小腿外侧、大腿后方等部位。当患者在进行剧烈咳嗽或者打喷嚏时，腰骶部的疼痛会加剧。患者的下肢还会出现感觉减弱、麻木、反射减弱等症状，在行走时会出现一瘸一拐的现象。
有部分患者还会出现排便困难、便秘等症状。如果患者为男性，还可能会导致性功能障碍，比如阳痿、不育等。
对于早期的骶管囊肿可进行保守治疗，比如药物疗法。如果骶管囊肿所引起的症状比较严重，应当考虑外科手术治疗。