食管癌有遗传的风险。因为临床上有部分发生食管癌的患者有家族聚集发病的现象，患者体内的遗传物质可能具有一定程度的缺陷，遗传缺陷可能会导致患者发生食管癌的风险增高。
有些家族也有可能是致癌基因表达比较强，导致家族成员发生食管癌的风险身高。食管癌的具体病因尚不明确，遗传只是可能的因素之一。
有些患者发生食管癌可能和亚硝酸盐摄入过多有关，有些患者体内缺少维生素，有些患者有食管内的异常感染，这些因素都可以诱发食管癌的发生。