怀孕三个月，如果有卵巢囊肿的患者手术，一般建议硬膜外手术下，可以做卵巢囊肿手术。
卵巢囊肿首先看一下囊肿大小，如果囊肿比较大、引发出血、有破裂，可能这个时候需要做手术。如果卵巢囊肿比较小、是良性，可以观察，可以在生产结束时选择剖宫产，可以通过剖宫产过程中将卵巢囊切除。
所以怀孕有妊娠卵巢囊肿，首先看一下是否需要手术。绝大多数妊娠合并生理性的卵巢囊肿，是不需要手术治疗的。如果必须做手术，一般是在硬膜外麻醉下，做卵巢囊肿切除手术。