对于肺炎支原体所致的上呼吸道感染，没有必要使用抗微生物，治疗肺炎支原体肺炎具有治愈性，且大多数情况下没有生命危险。抗微生物药物的使用将明显缩短病程，减少咳嗽及单位体积痰液所含病原体的数量，从而降低了传播性。
肺炎支原体没有细胞壁，对青霉素和头孢类抗生素不敏感，治疗肺炎支原体呼吸道感染的主要药物，仍然是大环内酯类，如四环素、红霉素、阿奇霉素，其中阿奇霉素比红霉素抗菌谱更广，体外抑菌浓度比较高，强于四环素和红霉素抗菌作用。
氧喹诺酮类抗生素与红霉素具有同样的抗菌疗效，如果不排除肺炎衣原体感染，可以推荐使用四环素和多西环素。肺炎支原体疗程一般为10到14天，但有10%的患者如果疗程少于3周，会出现复发，肺炎支原体感染，预后通常是比较良好的。