肛门一阵一阵疼痛可由多种原因引起：
首先，考虑是因为肛裂。肛裂大多是由于排便过度困难、排便费力，过度用力撑裂肛管的组织形成裂口。伴有肛门撕裂样疼痛，具有周期性。尤其是在排便时，裂口的神经末梢会受到刺激，引起刀割样疼痛。排便后可有所缓解，随后又会刺激肛门括约肌收缩痉挛，再次出现疼痛。
其次，考虑是因为肛周脓肿。这属于化脓性的炎性疾病，肛门局部会出现红、肿、热、痛，由于炎症刺激肛门而引起一阵一阵的疼痛。
因此，出现肛门一阵一阵疼痛，需要去医院检查明确诊断。