隐匿性阴茎伴有睾丸畸形的治疗，需要视情况而定。
若睾丸畸形但不影响睾丸的正常发育以及生精功能，可以单纯的治疗隐匿性阴茎，一般隐匿性阴茎多伴有肥胖病史，可以先通过减肥来改善，如果减肥后隐匿性阴茎无明显好转，可以通过阴茎矫正术来治疗。
若睾丸畸形严重影响了睾丸的激素分泌及精子的发育与成熟，这种治疗比较困难，一般很难完全治愈。在治疗隐匿性阴茎的同时，可能还需要定期口服或者肌注雄激素类制剂来补充雄性激素，维持第二性征及正常的性冲动。