因为先天性肛门闭锁其发生主要是由于人胚胎发育时，原肛发育异常，肛膜未破或者肛凹未能与直肠末端相通，从而引起直肠与外界不通。对于该疾病的发生，目前考虑可能与妊娠期，特别是妊娠早期与病毒感染、化学物质、环境及营养因素等作用有关系，还有可能与遗传因素存在一定关系。所以，在预防方面，一定要避免病毒感染、少接触或者尽量不要接触一些有害的化学物质及环境、在营养上需要加强营养支持，同时需要不挑食，饮食上做到合理膳食。
以上才能够预防先天性肛门闭锁的发生。同时，在孕期还需要定期去医院进行产前检查。