吃辣椒后肛门疼痛一般是患有了肛裂，因为吃辣椒后，辣椒内的辣椒碱会随着粪便排出，含有辣椒碱的粪便，在经过肛门口处肛裂的裂口时，会刺激裂口导致疼痛。
所以患了肛裂的人最好不要吃辣椒等辛辣、刺激性食物，也不要喝酒。因为这些辛辣刺激性的饮食，会刺激直肠下端粘膜内的血管扩张、淤血，大量吸收粪便内的水分，导致大便干结质硬，从而出现排便困难等便秘的症状。
而便秘会加重肛裂的症状，所以最好是不要吃辣椒。