临床上常见的包皮炎病因为病原微生物为主导因素所引起的感染，其中以细菌性与真菌性感染为最常见。
常见的泌尿系细菌以大肠埃希菌为多，金黄色葡萄球菌、肺炎双球菌等也较常见，故临床上抗生素多采用喹诺酮类，如左氧氟沙星、头孢、青霉素类抗生素也可用于包皮炎的治疗，三金片作为辅助治疗药物，联合应用效果佳。注意：口服头孢类抗菌素时不能饮酒，一周之前喝了点酒也不行。
真菌性感染可选用抗真菌药物，如酮康唑、克霉唑等。除此之外，保持会阴部的清洁卫生，多喝水，在包皮炎的治疗过程中，都具有很好的效果。