早上起来如果只是偶尔几声咳嗽，且没有其他伴随症状，可能是生理性因素，考虑是人体正常的保护性反射功能。
但如果经常早上起来之后咳嗽，可能与呼吸系统疾病有关，比如咳嗽变异性哮喘，尤其是早上可能冷空气较强或者房间内不够清洁卫生，都有可能会使呼吸道黏膜受到刺激，从而引起剧烈干咳。
另外，也有可能是夜间没有做好保暖措施，引起上呼吸道感染。病毒或细菌通过呼吸道进入人体之后，可能会引起呼吸道黏膜炎症，因此会在早上出现咳嗽。
除此之外，支气管炎、咽炎、肺炎等，都有可能会出现早上咳嗽的现象。