儿童衣原体、支原体感染，最普遍的病症是衣原体、支原体肺炎。发病通常较为迟缓，孩子是高热，有的是低热。可能会出现头痛、畏寒、咳嗽、疲乏、全身不适、食欲减退等。
初期宝宝咳嗽少痰，呈干咳状，以后逐渐转化为顽固性的、剧烈的咳嗽，伴有少量的黏液痰。特别是夜间咳嗽的症状比较严重，婴幼儿可以表现为喘憋或者是呼吸困难。有的孩子可能会发展成肺炎，有的孩子根本就没有咳嗽，而是以高热、寒战、咽喉部的疼痛为主要的临床表现。
病原体感染以后可能会出现肺外的一些症状，身体的各个系统都有可能受到影响。特别是孩子发病后，要及早的去医院治疗。