阿莫西林与头孢药物的主要区别在于不是一类的药物。虽然他们属于β-内酰胺类的抗生素，但阿莫西林是青霉素类的抗生素，而头孢属于头孢菌素类的抗生素。
相对而言，头孢菌素类药物要比青霉素类的抗生素不良反应轻微，并且也较少一点，而且也比阿莫西林的抗菌性要宽一些。
另一个区别是阿莫西林临床应用的时间较长，有些细菌对其已经产生耐药性，而头孢菌素有多代。所以对有些致病细菌的消杀能力上也就显示出了头孢类抗生素的优势，这也是医生对有些细菌感染类疾病有时候需要使用头孢类药物治疗的原因所在。