窦性心律不齐会不会影响怀孕要看具体的情况。在临床上绝大多数的窦性心律不齐，都属于生理性窦性心律不齐，并不伴有器质性的心脏病，因此也就不会影响怀孕。
但是少数的窦性心律不齐，可以伴有器质性的心脏病，如果器质性心脏病病情比较严重是会影响怀孕，而且在怀孕过程中由于心脏的负担加重，也会进一步加重器质性心脏病的病情，从而会对孕妇和胎儿的生命安全造成影响。
这种情况建议在怀孕前，先由专科医生进行评估再考虑是否怀孕，避免盲目怀孕以免导致不良的后果。