巧克力囊肿怀孕的几率相对正常人要小很多。
巧克力囊肿导致不孕的原因主要是由于巧克力囊肿会引起盆腔粘连、改变盆腔的微环境，导致输卵管粘连、包裹，使输卵管堵塞。还有一些巧克力囊肿会影响卵巢的分泌功能，导致排卵障碍。这些都会显著地降低怀孕的几率，导致不孕不育。
对于有生育要求的女性，如果有巧克力囊肿要及时进行治疗。要剥除卵巢巧克力囊肿、保留卵巢的功能、改善盆腔的微环境。手术后尽早怀孕，并且使用药物干预，预防巧克力囊肿复发。
预防巧克力囊肿，就要防止经血逆流。不要在经期同房，也不要在经期剧烈运动，尽量避免宫腔的手术操作。