咽拭子并不是检查口腔黏膜，而是通过采集咽喉部位的分泌物进行核酸检测或细菌培养，以分离出人体所感染的病原菌，如细菌、病毒、真菌、支原体和衣原体等。
咽拭子检查因为采样方便，敏感度高，现广泛应用于临床工作中。通过咽拭子检查，不仅可以分离出人体所感染的病原菌，同时可以进行细菌培养和药敏实验，确定对此病原菌敏感的抗菌药物。
咽拭子检查时，因为棉签对咽喉部位的刺激，可以引起患者的恶心、呕吐、咽喉部疼痛等不适感，因此，咽拭子采样前两小时应禁食和喝水。