鲍温样丘疹病在临床治疗上，有多种选择方案。
一般首选的方案，可能就是进行物理治疗，通常情况下可以采用液氮冷冻的办法进行治疗，通过液氮的低温作用，让这些增生性的丘疹局部坏死，最终逐渐脱落，当然也可以采用其他类型的物理治疗办法，比如可以采用光动力治疗，或者是采用激光治疗，也可以对于丘疹比较大的疣体进行手术切除治疗等。
在使用这些物理治疗的办法，同时也可以配合药物治疗，在药物治疗方面，可以选择注射干扰素等进行治疗的，也可以注射一定的其他的免疫调节剂进行治疗，或者是口服转移因子等进行配合治疗。