在临床上，采用关节镜进行微创手术，多数是不会留有后遗症。但是也会有可能造成关节内组织结构损伤，比如在术中可能导致关节内软骨、半月板、韧带、滑膜、脂肪垫等组织发生损伤，会延长病情的康复时间。
另外，也有可能伤及关节周围的神经、血管、肌腱等，也会出现关节内有血肿，导致出现有感染的情况，还有的可能会出现有下肢的静脉血栓形成。
但是发生的概率都是比较低的，因为在术中、术后，医生会采取正确的对症治疗，能够尽量减少后遗症的情况。