上颌窦囊肿属于良性的肿瘤，发生的原因和上颌窦的炎性刺激有关。部分患者经过抗炎治疗后，上颌窦的囊肿可以缩小或者是消失。
上颌窦癌属于恶性病变，可以是上颌窦部位的细胞发生变异导致的，也可以是其它部位的肿瘤转移而来，抗炎治疗无效。上颌窦囊肿对周围的骨组织不会出现严重的破坏，上颌窦癌会对周围的骨组织进行侵蚀性的破坏。
上颌窦囊肿的不会发生转移，没有生命危险。上颌窦癌会出现周围器官和全身性的转移，有生命危险，会明显缩短患者的寿命。