慢性附睾炎手术不影响生育。药物或者是手术治疗的目的是治疗附睾炎，避免炎性刺激对生育的影响，只要另一侧附睾以及睾丸功能正常，患侧的附睾手术不但不影响生育，并且对生育有帮助。
由于慢性附睾炎由致病菌感染所致，不能将手术作为首选的治疗方案。需要结合细菌培养、药物敏感试验，针对致病菌选择敏感抗生素，足够疗程抗炎治疗。
由于辅助坐浴、理疗，以及抗炎治疗不能获得满意的治疗效果，慢性附睾炎严重影响日常生活、工作，再考虑选择手术方式进行治疗。