多指畸形的发病原因，目前仍然不甚清楚，主要常见的一种是遗传因素，另一种就是环境的直接因素的存在。
遗传因素就是由于染色体结构异常或者是基因突变而导致发生多指畸形，这种情况一般在家族中会有发生这种情况的患儿出生。在相应的产前诊断前，就需要进行详细地告知医生，医生会对多指畸形进行详尽鉴别，防止多指畸形以及严重的不良发育情况的胎儿出生。
至今因素影响和环境密切相关，比如电离辐射、各种药物和化工类的药物，以及相应的在妊娠之前被弓形虫或者是风疹病毒感染而导致的异常的因素，可能出现多指畸形的发生。