巧克力囊肿会复发。
子宫内膜异位到了卵巢里，在卵巢种植生长，伴随月经周期，出现周期性的出血，时间长了就会形成一个囊肿，里头的血像巧克力的颜色一样，所以会叫巧克力囊肿。巧克力囊肿复发的几率是很高的，只要意味着这个子宫内膜还存在，只要女性体内还会有正常的月经周期，它都会伴随月经周期，激素水平的刺激，生长、出血，生长、出血。
对于巧克力囊肿的手术治疗，是切除移位病灶，恢复解剖关系为主。术后如果需要怀孕的，尽早怀孕。这样就避免了在远期，发生巧克力囊肿复发，影响怀孕的情况。