脑型疟疾要从三个方面进行鉴别：
第一方面就是患者的病史，要询问患者是否到过疟疾的疫区，有明确的接触史才能明确诊断。这是诊断脑型疟疾的基础，也是进行鉴别诊断的重要依据。
第二方面就是对患者进行影像学的检查，可以通过CT或磁共振进行检查。脑型疟疾和其他颅内病变，有明显的区别。
第三，可以通过血液检查，对脑型疟疾进行鉴别。可以对患者的血液、脑脊液进行疟原虫的检查。如果能够发现疟原虫，就可以对患者的病情进行明确的诊断。