共同性斜视治疗后可能会有后遗症。
例如，共同性斜视患者通过局部注射A型肉毒素的方式，麻痹眼部肌肉，使其肌张力降低，各条眼肌恢复平衡状态，可有效治疗本病。
但是肉毒素的作用效力时间有限，随着时间的不断增长，共同性斜视可能会复发。而手术切除部分肌肉治疗本病时，存在过矫或欠矫的可能，可再次引起各眼肌之间新的协调障碍。
除此以外，部分患者在矫正手术以后，可遗留有复视、眼球运动异常、视力减退等症状，可给予相应的二次治疗。