新生儿巨细胞病毒感染复查的时候，主要检查病毒标志物核酸，还有患儿血清中的巨细胞病毒抗体如IgG和IgM等，人类对巨细胞病毒普遍易感，而且感染了巨细胞病毒以后，巨细胞病毒可以长期在人体中蛰伏。
新生儿感染的巨细胞病毒多由母亲感染所来。大多数是宫内感染所致，出生的时候就有新生儿巨细胞病毒肺炎、新生儿肝炎以及新生儿巨细胞病毒感染的脑炎等，这些感染性疾病经过住院治疗，大多都能够缓解，而且需要在治疗后进行复查。
巨细胞病毒的核酸如果核酸阳性提示仍有细胞病毒的感染，如果说核酸和IgM同时阳性则提示有新近的感染。如果核酸和IgM都是阴性的，只有IgG是阳性，则提示既往有感染，目前的巨细胞病毒感染的状态是处于静止状态。