部分真菌性角膜炎病症发展严重时，可引起角膜的深层病变甚至穿孔，需考虑进行角膜移植，并不是所有真菌性角膜炎都要移植手术。
真菌性角膜炎的病变多由角膜表层向深层发展，可有角膜的基质层浸润灶，呈灰白色牙膏状，部分患者还具有前房积脓的表现。
本病治疗方案多样，首先以抗真菌治疗为主，例如咪唑类、两性霉素类眼药水。必要时需联合用眼药膏，如果有虹膜炎还需散瞳治疗，若并发白内障还需进行白内障手术。如果出现角膜穿孔，可能要进行角膜移植。