新冠病毒和流感病毒混合感染时，会使患者的病情明确加重，部分患者因此而预后不良。
新冠病毒和流感病毒可以叠加感染，两种病毒混合感染时并不会导致病毒之间相互影响或诱发其发生变异。对于新冠感染者其抵抗力是下降的，更容易受到其他的致病原感染。
如果未加强相应的防护措施，可以出现流感和新冠病毒叠加，此类患者病情更重，而且更容易产生相应的并发症和后遗症，此类患者传染性亦明显增强。患者治疗起来更加棘手，疾病恢复时间明显延长，死亡率也因此而增加。故可以视情况接种流感疫苗和新冠疫苗，但两种疫苗之间要间隔28天再接种。