藿香正气水建议饭后喝较好。虽然本品是中成药，但是本品组方中有将近一半的成分为酒精，如果空腹情况下服用藿香正气水，对胃肠黏膜的刺激较为严重，所以饭后服用本品会减轻对胃肠道的刺激。特别是有消化道不良情况的患者，更不宜在饭前服用。
不过若是肠胃功能很好的患者，可以考虑在饭前服用。这样能使藿香正气水中的药物成分迅速渗透到血液中，可使药效发挥更快和更好。
另外，因本药物中含有酒精成分，所以若是对酒精过敏的患者，不要服用藿香正气水进行治疗。