松果体细胞瘤和生殖细胞瘤的区别在于性质不同、发生位置不同、临床症状及治疗等不相同：
第一，松果体细胞瘤为良性肿瘤，而生殖细胞瘤为恶性肿瘤。
第二，松果体细胞瘤往往位于松果体区，而生殖细胞瘤可以发生于松果体区、鞍区及基底节处。
第三，松果体细胞瘤的临床表现主要以颅内压增高为主，其他包括四叠体受压处出现眼以及听力的障碍等；生殖细胞瘤的主要症状为多饮、多尿、颅内压增高以及偏瘫等症状。
第四，松果体肿瘤以手术切除为主，术后辅以放射治疗，而生殖细胞瘤则以放射治疗为主，对于放疗不敏感者可考虑手术治疗。