导致儿童流口水的疾病主要是口腔以及咽部疾病，如各种口腔炎、舌炎、咽炎、扁桃体炎，以及手足口病导致口腔疱疹等，刺激唾液腺分泌口水。
部分神经系统疾病也可以导致患儿流口水，比如先天性脑发育不良、延髓麻痹、脑炎后遗症等，导致口水分泌过多或者吞咽困难，口水不能正常吞咽而流出；某些先天性疾病，如先天愚型患儿，也会持续流口水。
导致流口水的疾病很多，严重程度不一。出现异常的流口水情况时，建议及时就医，大部分疾病通过及时治疗，去除病因后，流口水症状均可缓解。