对于有卵巢巧克力囊肿的女性，如果已经怀孕，绝大多数对胎儿都可能没有任何的不良影响。
这是因为巧克力囊肿是在女性的卵巢上，而胎儿是在女性的宫腔内，所以只要没有出现巧克力囊肿的破裂，或者扭转，就不会影响到胎儿的正常生长发育。
同时女性在怀孕以后，巧克力囊肿还可能会出现自然萎缩变小现象。如果女性的巧克力囊肿本身就比较小，可能会因为怀孕导致巧克力囊肿完全消失，从而达到彻底自愈的目的。所以对于有巧囊的患者，常常都可以先进行备孕怀孕。