对于本病的治疗以手术为主。对单发的乳管内乳头状瘤应切除病变的乳管系统，术前需要正确定位，用指压确定溢液的乳管口。插入钝头细针，也可注射美蓝，沿针头或美蓝显色部位做放射状切口，切除该乳管及周围的乳腺组织。术后常规进行病理检查。
如果有恶变倾向应行乳腺癌根治术，对年龄较大，乳管上皮增生活跃或间变者，可行单纯乳房切除术。乳管内乳头状瘤一般为良性，恶变率为6%到8%。对起源于小乳管的乳头状瘤应该警惕其有发生恶变的可能。