多种原因都可导致体内孕酮值低。孕酮值低对健康有影响，特别是怀孕后女性，孕酮增多才可以维持正常妊娠，如果此时体内孕酮不足，有流产的风险，而引起孕酮低的原因，常和卵巢黄体发育不全而导致孕酮分泌不足有关。
还有的女性患有内分泌系统方面疾病，也可导致体内孕酮低。比如甲状腺功能低下，或者一些其他的内分泌疾病，影响到垂体内分泌调节性腺轴，从而导致了体内孕酮分泌水平不正常。
另外，患有一些疾病，比如原发性高血压、先天性肾上腺增生、卵巢颗粒细胞瘤等，也易导致孕酮低。