扁桃体肥大和肥胖通常并没有直接的关联。扁桃体肥大，主要分为生理性的扁桃体肥大和病理性扁桃体肥大两种。生理性扁桃体肥大，主要是由于儿童年龄较小，在接触生活中的致病菌之后，诱发较为活跃的扁桃体免疫反应所造成的。此类情况通常会随着儿童的身体发育而自行好转。
而病理性的扁桃体肥大，则通常是由于长期或慢性的扁桃体部位的炎症感染，或者是鼻腔以及咽喉等邻近器官的炎症感染所造成的。
而肥胖有可能会导致咽喉等部位的皮下脂肪增多，但一般不会引发明显的扁桃体肥大。