虹膜囊肿的治疗方式要结合患者具体的病因、病变类型、囊肿大小等情况来综合分析，不同的病情所采取的治疗方式有所差异。
如果虹膜囊肿较小，没有进行性发展的趋势，长期处于静止不变的情况，对视力和眼部结构不造成损伤，可先不予处理，以定期观察为主。
如果患者虹膜囊肿内部是一种浆液性的组织，可以采取激光治疗的方式去除。如果患者的囊肿较大，甚至有向前房挤压的趋势，一般需要及时给予手术切除，或者激素药物注射治疗，以防止病情加重。