原发性阿米巴脑膜脑炎多是由于福氏耐格里阿米巴污染所引起。
如果患者在游泳或者泡温泉时，水质已经受到了福氏耐格里阿米巴污染，可能会通过人体的鼻腔进入到中枢神经系统，导致中枢神经系统出现出血性的坏死或者是脓肿。此外，如果经常处于干旱多风的地区，没有做好呼吸道的防护措施，吸入了含有福氏耐格里阿米巴污染的空气，也会引起原发性阿米巴脑膜脑炎。
因此，在日常应避免进入不流动的湖水或者是温泉中进行洗澡和嬉戏，不要长期处于多风干旱的地区，降低原发性阿米巴脑膜脑炎的出现几率。