帕司烟肼和异烟肼都属于抗结核药物，二者的主要区别是结构成分不同。
帕司烟肼在异烟肼的结构成分上多一个对氨基水杨酸，可降低异烟肼的代谢过程，从而促使血药浓度提高，可维持较长的药物功效，提高结核杆菌的查杀能力，降低药物使用过程中的耐药性。也可减轻药物对肝细胞的损伤，降低药物对肝脏的毒性，从而发挥更好的治疗效果。临床对肺结核以及机体其他组织结核感染，有较好的抗菌效果。
另外一方面，在价格上也存在差别，帕司烟肼的价格相对于异烟肼的价格要高。抗结核治疗中异烟肼是一线药物，而帕司烟肼是二线药物。