先天性巨结肠可以吃益生菌，不过早期起不到太大的作用，也无法缓解便秘的症状。
因为先天性巨结肠是肠道发育畸形的一种疾病，可以导致顽固性便秘、腹胀、诱发肠梗阻以及营养不良和小肠结肠炎等严重的并发症，一经确诊建议以手术治疗为主。
巨结肠术后，当肠功能恢复以后，应注意调节好饮食的种类，可以选择高蛋白、高热量的饮食，保证身体所需营养，也可以适当的服用益生菌来调节肠道菌群。要保持患儿肛门周围皮肤清洁，定时培养患儿排便的习惯。避免大便干燥、硬结，必要时也可以使用开塞露，及时通便。