肠球菌肺炎的诊断方法，采集患者的痰液或者对患者进行支气管肺泡的灌洗，取出灌洗液来作为细菌定量培养。
如果患者有化脓性肺炎的情况，使用头孢类的抗生素治疗没有效果的情况下，有可能是肠球菌肺炎，患者还需要进一步做病原学检查。肠球菌肺炎需要跟其它化脓性细菌所引起的肺炎区别开来，对症治疗。
肠球菌肺炎是因为肠球菌感染引起的肺炎，患者除了做病原学检查以外，还需要做肺部CT检查。根据实际的检查结果，来综合判断。确定病因之后，马上用药进行治疗。