调节宝宝肠道的药物多为一些微生态的制剂，可以构建宝宝肠道的微生态的环境的平衡，也就是的益生菌。
常用的药物有双歧杆菌三联活菌、双歧杆菌四联活菌、口服蜡样芽孢杆菌活菌制剂、乳酸菌素片、地衣芽孢杆菌胶囊、枯草杆菌二联活菌颗粒、酪酸梭菌二联活菌胶囊、布拉氏酵母菌散、复方嗜酸乳杆菌片等。
通常宝宝如果有单纯的消化不良引起的腹泻或者便秘或者食欲不好，都可以用上述肠道调节的药物来改善。一般疗程为1~2周，也不宜长期使用，以免宝宝肠道产生依赖性或者影响宝宝肠道益生菌的产生。