肝母细胞瘤属于胚胎性的肿瘤。它源于未分化的胚胎组织中，能分化为肝细胞和胆管上皮细胞的多潜能的干细胞。肝母细胞瘤在组织学上有两大类，6个类型。
上皮型，包括4个亚型，就是胎儿上皮型、胎儿胚胎与胎儿上臂型、粗小梁型以及小细胞未分化型。
混合型，包括两个亚型，即上皮和间叶混合型以及上皮和间叶混合伴有畸胎瘤特征型。它根据分化程度，可分为高分化、低分化和未分化三种类型。
肝母细胞瘤的间质可含有骨样或者软骨样组织，还有鳞状上皮细胞成分。骨样组织是肿瘤血栓形成后的激发产物。胎儿上皮型的肝母细胞瘤分化良好，预后最佳术后治疗治愈率可达到90%左右。