甲状舌管囊肿本身手术治疗后有一定的复发率，但是复发率并不是很高。在这强调是要把囊肿完整地摘除，避免有囊壁的残留，才能最大程度的控制甲状舌管囊肿手术以后的复发率。
需要强调的是，甲状舌管囊肿一旦发现，应该及时地给予手术切除。因为这种囊肿如果不切除，会缓慢地增大，容易继发感染引起局部的炎症，有些反复感染以后容易形成脓肿，形成瘘。一旦变成甲状舌管瘘，手术的难度就会增加很多，复发率也会增加很多。对于甲状舌管瘘的患者，手术的时候不好确定局部的界限，哪是病变，哪是正常组织。另外，还因为反复感染的发生，跟周围组织的粘连也比较严重。
对于甲状舌管囊肿和甲状舌管瘘的患者，如果在手术过程中发现病变跟舌骨的关系十分密切，一般要建议把根源并列相连的一部分舌骨一并剪除，可以最大程度的降低手术的复发率，降低术后发生问题的概率。