肛周脓肿在临床上分为高位脓肿和低位脓肿，高位脓肿和低位脓肿的临床症状并不相同。
由于肛门周围皮肤的神经分布非常丰富，所以低位脓肿会出现剧烈的疼痛症状，会在肛周局部摸到硬块，局部也有红肿热痛的症状，如果低位脓肿成熟时，会伴有明显的波动感。而高位脓肿由于位置偏高，疼痛症状大多并不明显，表现为肛门部的坠胀不适、频繁的便意感，还会伴有发热等全身症状。
肛周脓肿在临床上都需要行手术治疗才能完全治愈，所以患者一旦明确诊断，应及时行手术治疗。