手足口病的危害最严重的是病毒侵犯大脑，导致病毒性脑膜炎，可导致孩子抽搐、神志不清，甚至出现脑水肿、脑疝、神经源性肺水肿等危及生命的情况。但是这种重症手足口病比较少见，一般见于EV71感染的小婴儿，治疗及时，也能治愈。
一般的损害还有，手足口病一般会伴有发热，体温急剧上升时，可引起高热惊厥；手足口病患儿口腔内可出现大量带有疼痛感的皮疹，会影响孩子的食欲；患儿还容易合并肺炎，引起反复发热、咳嗽、气促等不适。
这些危害一般通过有效治疗后，均可以治愈。