现在青霉素的应用比较少，主要是因为耐药增加。另外，青霉素较容易引起的不良反应就是过敏反应，严重的时候甚至可能引起过敏性休克。
青霉素的主要副作用是过敏反应，如荨麻疹、白细胞减少症、哮喘发作等。偶有过敏性​​休克，一旦发生必须立即挽救，吸氧气，并用肾上腺素和糖皮质激素治疗。
另外，青霉素具有毒性反应，不过较为少见。如果静脉滴注剂量比较大或者在鞘内给药时，可能会因为药物在脑脊液中的浓度太高，而导致抽搐、肌肉痉挛、昏迷和严重的精神障碍。青霉素还有其它的副作用，如二重感染、赫氏反应等，不过都相对少见。